彩色PCR（Color complement assay）直譯為“著色互補性檢測”，是LP-PCR的一種，彩色PCR意譯更為明確：它用熒光染料標記引物的5’端。熒光染料JOE和FAM呈綠色熒光；TAMRA呈紅色熒光；COUM呈藍色熒光。不同熒光標記的引物同時參加反應，擴增后的目的基因會分別帶有引物5’端的染料，通過電泳或離心沉淀，肉眼就可以根據(jù)不同熒光的色澤判斷目標基因是否存在及擴增基因的類型。通常僅需2種不同顏色的引物，一種作為基因檢測引物；另一種作為控制條件的內(nèi)對照，即可診斷基因缺失、染色體易位或感染某種病毒。檢測多種點突變時，可用更多的色彩，如多點突變的遺傳病、幾種可疑病毒感染、HLA位點分析都可以用彩色PCR同時檢測多個位點。